销售设备，加安装设备，能否签在一个合同里，分别注明适用增值税率13%和3%吗？

可以的，销售设备并安装，可以签订在一份合同中，分别注明金额，分别核算，分别适用不同的增值税率，销售设备13%，安装按照9%，也可以按照甲供工程选择简易征收3%。

根据《国家税务总局关于明确中外合作办学等若干增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2018年第42号）第六条、一般纳税人销售自产机器设备的同时提供安装服务，应分别核算机器设备和安装服务的销售额，安装服务可以按照甲供工程选择适用简易计税方法计税。

一般纳税人销售外购机器设备的同时提供安装服务，如果已经按照兼营的有关规定，分别核算机器设备和安装服务的销售额，安装服务可以按照甲供工程选择适用简易计税方法计税。